Vom 27. Juni 1925 bis 10. April 1926 lebte Jakob Karnowski in Berlin. Seine Ehefrau blieb wohl mit den Söhnen Max und Walter  in Neu-Ulm wohnen. Am 1. September 1938 wurden Jakob und Regina Karnowski nach Ulm abgeschoben, wo sie zu Familie Frenkel in die Olgastraße 64 (heute Nr. 114) zogen. 

Mit ihnen zusammen und weiteren polnisch stämmigen jüdischen Bürgern wurde das Ehepaar Karnowski am 28. Oktober 1938 im Rahmen der „Polenaktion“ nach Polen abgeschoben (Abschiebungsort: Auffanglager Bentschen/Zbaszyn, Deportationsziel: Lodz, Ghetto). Anlass für die Ausweisung war ein Erlass des polnischen Innenministeriums, dass alle Pässe bis zum 29. Oktober 1938 verlängert werden mussten. Alle nicht verlängerten Pässe verloren ihre Gültigkeit und deren Besitzer ihr Recht auf Rückkehr nach Polen. Jakob und Regina Karnowski durften nur ein kleines Handgepäck mitnehmen und mussten zunächst, wie alle anderen Deportierten auch, im Niemandsland an der Grenze kampieren. 
 

Am 31. Oktober 1938 schickten sie von Zbaszyn (ca. 100 km östlich von Frankfurt/Oder) aus ein Telegramm an ihren in der Schweiz lebenden Sohn Max mit der Bitte um Geld. Max versuchte noch über den Ulmer Rechtsanwalt Dr. Leopold Hirsch die Ausweisung rückgängig zu machen, aber ohne Erfolg.

Max schreibt dazu in einem Brief vom 3. August 1957:
„Meine Eltern sind in der Nacht vom 27. auf 28. Oktober 38 zusammen mit anderen polnischen jüdischen Staatsbürgern nach Polen deportiert worden, nachdem sie über 30 Jahre lang ununterbrochen in Deutschland ansässig waren. Die erste Nachricht hierüber ist mir am 31.10. durch ein Telegramm aus Zbaszyn zugekommen, in welchem ich um telegrafische Überweisung eines Betrages gebeten wurde. Die Verhältnisse dort waren trostlos. Versuche diesen Ausweisungsbefehl wieder rückgängig zu machen und welche durch den damaligen Rechtsanwalt Dr. Hirsch in Ulm a. d. Donau unternommen wurden, blieben vollkommen ohne jeden Erfolg.“

In Lodz wohnte das Ehepaar Karnowski zunächst in Jenczalska 4, bis das Ghetto am 28. Februar 1940 errichtet wurde. Dorthin mussten dann alle jüdischen Bürger der Stadt umziehen. Am 30. April 1940 wurde dieses 4,13 Quadratkilometer große Gebiet endgültig abgeriegelt und Familie Karnowski lebte nun am östlichen Rand des Ghettos in der Holzstraße 30, Flat 13.

Ca. 160 000 Menschen lebten im Ghetto unter katastrophalen Wohn- und Lebensbedingungen. Ständiger Hunger, Seuchengefahr, Brennstoffmangel und  unzureichend zugeteilte, teilweise verdorbene, Lebensmittel waren der Alltag. Zusätzlich führten die beengenden Wohnverhältnisse (15-20 Personen in einem Raum) ohne sanitäre Anlagen zu lebensbedrohlichen Erkrankungen. Im Februar 1942 starben dort – laut Ghettostatistik - täglich 67 Menschen, darunter auch Jakob Karnowski am 26. Februar 1942. In den Krankenhausakten steht Herzschwäche als Todesursache. Regina Karnowski starb kurz darauf am 18. März 1942, vermutlich ebenfalls im Krankenhaus des Lodzer Ghettos. 

Die Enkel von Jakob und Regina Karnowski erinnern sich, dass deren Sohn Max Karnowski in Berlin gelebt hat (am 27. Dezember 1926 wurde er in Neu-Ulm abgemeldet) und durch die Empfehlung eines Berliner Parfümfabrikanten 1930 Kontakt zu dem Kerzen- und Parfümfabrikanten Balthasar in Hochdorf/Luzern bekam. Max Karnowski zog am 14. April 1930 nach Hochdorf, wurde von Fabrikant Balthasar eingestellt und arbeitete sich bis zum Direktor/Geschäftsführer dieser Firma hoch. Er leistete einen großen Beitrag zur Industrialisierung des Luzerner Seetals. Max Karnowski war Schweizerbürger und heiratete am 4. September 1954 Anna Pia Wili aus Hitzkirch (geb. am 23. März 1923). Max Karnowski starb am 27. November 1959.